Синтез молекулы ДНК идет фрагментарно из-за особенностей структуры ДНК и механизма ее репликации. ДНК имеет двойную спиральную структуру, состоящую из двух антипараллельных цепей. Это означает, что одна из цепей идет в направлении 5' к 3', а другая — в направлении 3' к 5'. Однако ДНК-полимераза, основной фермент, осуществляющий синтез новой цепи, может добавлять новые нуклеотиды только в направлении 5' к 3'.
При репликации ДНК образуются две репликационные вилки, где происходит расхождение цепей. На одной из цепей, называемой ведущей (leading strand), синтез идет непрерывно, потому что она ориентирована в направлении 5' к 3' относительно направления движения репликационной вилки. На другой цепи, называемой отстающей (lagging strand), синтез идет фрагментарно, поскольку она ориентирована в направлении 3' к 5'. В этом случае ДНК-полимераза не может синтезировать новую цепь непрерывно.
Чтобы решить эту проблему, синтез отстающей цепи происходит в виде коротких фрагментов, известных как фрагменты Оказаки. Эти фрагменты синтезируются в направлении 5' к 3', но в противоположном направлении движения репликационной вилки. Каждый фрагмент начинается с короткого РНК-затравочного участка (праймера), который синтезируется ферментом примазой. Затем ДНК-полимераза продолжает синтез ДНК, используя этот праймер.
После того как фрагменты Оказаки синтезированы, другой фермент, ДНК-лигаза, соединяет их, создавая непрерывную цепь. Перед этим РНК-праймеры удаляются, и промежутки заполняются ДНК. Таким образом, фрагментарный синтез позволяет обеспечить точное копирование всей длины ДНК, несмотря на ограничения, связанные с направлением синтеза, и гарантирует, что обе дочерние молекулы ДНК будут идентичны исходной.